USSヴォイジャーの帰還から長い月日が流れた。
生命体8472とのファーストコンタクトでその脅威を十分に理解した連邦は、かつてUSSヴォイジャーの艦長、キャスリン・ジェインウェイによって行なわれた生命体8472との休戦協定が長続きしないことを確信した。
長い間流動空間を探していたが、成果を得ることができなかった。
その一方で、生命体8472もまた密かにある計画を進んでいた。
非常に排他主義的な種族として、銀河系の「浄化」を企んだ生命体8472は、連邦が開発した「ナノ・プローブ弾頭」の効果を目の当たりにして、やむなく停戦を同意した。
だがそれは、諦めたわけではない。生命体8472は連邦という脅威を完全に排除するために、「ナノ・プローブ弾頭」への対抗手段を探し続けていた…。
生命体8472は連邦、クリンゴン及び他の勢力を流動空間におびき寄せ、それらの戦力を削りつつ、いずれ来たる「浄化」のために、宇宙の生命体の研究を進める計画を立てた。
全ての準備を整えた生命体8472は、アルファ宇宙域で自然発生を装い、アノマリーを開いた。すぐにこの新しいアノマリーを観測した連邦は、研究のため、即セクション31にその保護を命じた。
これを知ったクリンゴン帝国も、連邦に有利な情報が入ることを危惧し、艦隊を出した。
アノマリーに到達した両陣営の艦隊は、生命体8472の計画する通り、未知の力に捕まり、吸い込まれた。
流動空間に到着した艦隊は、帰還する方法がないまま、閉じ込められた…