人類の大きな科学の進歩は、世界に様々な恩恵を与えた…

各地で起きていた戦争や貧困などは根絶され、
地球は理想的な星となり、宇宙の一部として存在していた。

まだ見ぬ未知の世界を求め、広大な宇宙に目を向けた人類は、
様々な生命体と遭遇し、新たなドラマを生み出していく…


USSヴォイジャーがデルタ宇宙船で流動空間に生息する極めて排他的で恐ろしい種族、
生命体8472とファーストコンタクトを取ってから長い月日が流れていた。

紆余曲折を経て、休戦協定を結んだ生命体8472は流動空間に戻った。
しかし、平和は長く続かないだろうと判断し、秘密裏に生命体8472に関する研究を始めた。

その後、ある研究センターにてアルファ宇宙域に、
かつて生命体8472が作ったリフトによく似た奇妙なアノマリーを発見した。

これを相手を知るチャンスと考え、すぐにそのエリアに小型戦艦を派遣し調査することにした。

誰もがこれを簡単な任務だと思っていた。
それが生命体8472がアルファ宇宙域とベータ宇宙域にいる新たな敵の能力を知るための罠だったとも知らずに…